Der Flughafen Münster/Osnabrück wird seit 2018 auch durch den Flixbus bedient. Nach der pandemiebedingten Pause hat die Fernbuslinie ihre Fahrten ab dem FMO nun wieder aufgenommen. Angeboten werden Fahrten über Osnabrück, Hannover und Berlin nach Lodz in Polen, über Dortmund ins Ruhrgebiet und in das Rheinland sowie über Oldenburg nach Wilhelmshaven. Jede Strecke wird täglich bedient. Buchbar sind die Fahrten unter www.flixbus.de/fernbus/muenster-osnabrueck-flughafen.
Die Haltestelle am Flughafen Münster/Osnabrück befindet sich im östlichen Bereich vor dem Terminal 2. Für Fluggäste gibt es Kooperationen mit zahlreichen Fluggesellschaften und erlauben so Zubringerfahrten zum FMO.
Durch den Regionalverkehr Münsterland werden die außerdem im Linienverkehr die Hauptbahnhöfe in Münster, Osnabrück und Ibbenbüren angesteuert. Die Flixbus-Anbindung ist somit eine gute Ergänzung und verbessert die Intermodalität des Flughafens.